Abstieg in die Dritt- und Viertklassigkeit
Gleich im Folgejahr folgte mit dem Abstieg die große Ernüchterung. Wurde mit Gerd Roggensack noch hoffnungsvoll ein renommierter Trainer und mit Harald Kügler ein versierter Zweitligaspieler verpflichtet, gelang es den Preußen unter ihm nicht erfolgreich Fußball zu spielen. Im Frühjahr 1991 wurde daher Siegfried Melzig als vermeintlicher Retter engagiert. Ihm gelang es jedoch ebenso wenig, mit den Preußen die Klasse zu halten und Preußen stieg somit als Tabellenachtzehnter erneut in die Oberliga Westfalen ab.
In den beiden folgenden Saisons wurde der SC Preußen jeweils Meister, scheiterte in den Aufstiegsrunden jedoch am Wuppertaler SV und an Rot-Weiss Essen. 1994 genügte Platz zwei zur Qualifikation für die neu gegründete Regionalliga West/Südwest. Im selben Jahr gewann Münster die Deutsche Amateurmeisterschaft nach einem 1:0 im Finale gegen Kickers Offenbach. In den folgenden sechs Spielzeiten in der Regionalliga stellte der SC Preußen meistens nur Mittelmaß dar. Dennoch wurde der Verein mit 306 Punkten aus 206 Spielen ewiger Tabellenführer dieser im Jahr 2000 wieder aufgelösten Liga.
Zur Saison 2000/2001 führte der DFB eine neue zweigleisige Regionalliga ein. Der SC Preußen konnte sich dafür am letzten Spieltag der Vorsaison durch ein 4:1 über den SC Verl vor über 10.000 Zuschauern qualifizieren und wurde der Regionalliga Nord zugeteilt.
Gleich in der ersten Saison stand der Verein dicht vor der Rückkehr in die 2. Liga. Doch am vorletzten Spieltag gelang es nicht, eine 1:0-Führung beim direkten Aufstiegskonkurrenten Fortuna Köln über die Zeit zu bringen und so war die Mannschaft auf Schützenhilfe anderer Vereine angewiesen, die ausblieb.
In den folgenden Saisons war Preußen Münster regelmäßig in den Abstiegskampf verstrickt. 2002 wurde dabei die Klasse nur gehalten, weil aus der 2. Bundesliga nur eine Mannschaft in die Regionalliga Nord absteigen musste und sich dort die Zahl der Absteiger von vier auf drei reduzierte. 2004 gelang der Klassenerhalt am letzten Spieltag in einem Abstiegsendspiel gegen Wattenscheid 09, das nach dem 1:0-Sieg der Preußen in die Oberliga musste.
Im Jahr 2006, genau zum 100. Geburtstag des Vereins, waren die Preußen nach einer 1:2-Niederlage gegen den Wuppertaler SV am vorletzten Spieltag faktisch abgestiegen, auch der folgende 3:1-Erfolg gegen Bayer Leverkusen (A) konnte das Blatt nicht mehr wenden. Damit wurden die Preußen zum ersten Mal nach 100 Jahren Vereinsgeschichte viertklassig. In der Oberligaspielzeit 2006/2007 wurde der angestrebte sofortige Wiederaufstieg in die Regionalliga unter Trainer Georg Kress mit einem 6. Platz dann deutlich verfehlt.
Die folgende Saison 2007/2008 wurde unter dem neuen Trainer Roger Schmidt und mit einem fast gänzlich veränderten Kader in Angriff genommen. Da ein Aufstieg in eine höhere Spielklasse aufgrund der Einführung der 3. Liga in dieser Spielzeit nicht möglich war, war das Ziel sich für die neue viertklassige Regionalliga zu qualifizieren. Dieses wurde bereits frühzeitig erreicht. Außerdem sicherte sich Preußen Münster am vorletzten Spieltag mit einem 2:0-Sieg in Hamm die Meisterschaft. Darüber hinaus wurden auch noch der Verbandspokal und der Kreispokal gewonnen, womit sich die Preußen erstmals seit 1997 für die 1. Hauptrunde des DFB-Pokals qualifizierten und dort dem VfL Bochum erst im Elfmeterschießen mit 5:6 unterlagen. In der Saison 2008/09 spielten die Preußen in der viertklassigen Regionalliga West eine gute Rolle, ohne allerdings in den Aufstiegskampf eingreifen zu können. In der Abschlusstabelle belegte Münster schließlich Platz 4. Zudem gewann man erneut den Westfalenpokal, so dass der Verein auch in der Saison 2009/10 in der 1. Hauptrunde des DFB-Pokals vertreten war. Dort traf man auf den Bundesligisten Hertha BSC vor 18.200 Zuschauern im erstmals seit langer Zeit wieder ausverkauften Preußenstadion und verlor erst durch zwei Gegentore in den letzten 2 Minuten der nach einem 1:1 nach regulärer Spielzeit notwendig gewordenen Verlängerung mit 1:3.[3] Extra für dieses Spiel wurde von der Stadt eine Sondergenehmigung erteilt, um die Zuschauerkapazität von 15.050 Plätzen auf über 18.000 erhöhen zu können.
In der Saison 2009/10 konnte Münster sich zum dritten Mal in Folge für den DFB-Pokal qualifizieren. Dort traf man in der ersten Hauptrunde auf den Bundesligisten VfL Wolfsburg, schied jedoch wie in den Jahren zuvor aus. Das Spiel endete mit 1:2 (0:0) für den VfL Wolfsburg.
Die Mannschaft wurde vom Sportbund der Stadt Münster beim Ball des Sports als Mannschaft des Jahres 2011, 2012 und auch 2014 ausgezeichnet.
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